Los funcionarios electos de la ciudad pronto vieron los beneficios comerciales de la llegada del tren. Una estación, sí, pero a 3 km de la ciudad y en un pantanoso páramo. La Compagnie du Midi estuvo a cargo de este colosal proyecto. En 1854, la emperatriz Eugenia tomó el tren de Bayona a Burdeos para inaugurar la exitosa colocación de las vías en tiempo récord. La construcción de la estación de Morcenx estaba en plena marcha en 1856 gracias al ensamblaje de módulos prefabricados yuxtapuestos. La estación de Morcenx tiene nueve módulos, mientras que la estación de Labouheyre tiene cuatro y la estación de Rion tiene dos.
El 18 de agosto de 1859, Sus Majestades Imperiales inauguraron con gran pompa en Tarbes la línea Morcenx-Tarbes vía Mont-de-Marsan. La estación de Morcenx se convirtió en la terminal de las faldas de los Pirineos, sus balnearios y la peregrinación a Lourdes. Para realzar su acogida, se enriqueció con un famoso bufé, el más grande de Europa, y un dosel que protegía a un número cada vez mayor de viajeros. Entre ellos, los militares acuartelados en Mont-de-Marsan y las peregrinaciones colectivas que se extendieron a todas las diócesis francesas y extranjeras. En 1913, aproximadamente 60.000 peregrinos pasaron por Morcenx camino a Lourdes, el principal centro ferroviario del catolicismo a nivel mundial, rivalizando con Roma.
A partir de 1882, la estación de Morcenx se convirtió en el punto central de la red de pequeños trenes de interés local, los maches-culs, que transportaban pasajeros, mercancías, productos agrícolas, madera y barriles de resina por todo el departamento. Además de las nueve vías existentes, se añadieron catorce vías de maniobras, lo que permitió el envío de los trenes a las 52 estaciones anexas a su zona de operaciones. En su punto álgido, mil vagones al día caían en el montículo de maniobras.
Con la posguerra llegó la era de la velocidad. La estación de Morcenx fue el escenario, situada al final de la línea ferroviaria más larga de Francia: una recta de 66 km desde Lamothe. La SNCF asumió el reto con locomotoras eléctricas, la BB 9000 y la CC 7000. Rompieron el récord mundial al superar los 330 km/h, un récord que el TGV 016 batió en tan solo 50 km/h en 1981.
La estación tiene más de cien años. Ha perdido su marquesina y ha sido objeto de varias restauraciones necesarias. La última fue en 2013, como indica el cartel de la fachada. Sigue siendo una estación de conexión vital para la región de las Landas, a la vez que contribuye al tráfico regional, nacional y transfronterizo con su punto de servicio CapTrain.